Grippe aviaire H5N1 : le génotype D1.1 détecté chez des vaches laitières au Nevada, l’USDA s’inquiète d’une mutation

Une nouvelle variante de la grippe aviaire hautement pathogène (HPAI) a franchi la barrière des espèces, passant d’oiseaux sauvages à des vaches laitières dans l’État du Nevada. Au sein du Département de l’Agriculture des États-Unis (USDA) comme chez plusieurs scientifiques, une mutation observée dans le virus suscite des inquiétudes.

La variante en question, baptisée génotype D1.1, n’est pas la même que celle qui a commencé à infecter des troupeaux laitiers au Texas en mars 2023. Cette souche initiale, nommée B3.13, a déjà provoqué de lourdes perturbations et touché près de 1 000 élevages aux États-Unis.

Le génotype D1.1 : des oiseaux migrateurs aux vaches laitières du Nevada

D’après l’USDA, D1.1 est actuellement le « génotype prédominant chez les oiseaux sauvages migrateurs ». Il a aussi été associé à quelques cas humains graves de grippe aviaire hautement pathogène (HPAI), dont un cas quasi mortel chez un adolescent au Canada, ainsi que le premier et unique décès humain lié à la grippe aviaire en Amérique du Nord à ce jour - une personne de plus de 65 ans en Louisiane.

Jusqu’ici, D1.1 n’avait jamais été observé en train de passer des oiseaux aux bovins.

« Ce n’est pas ce que quiconque voulait voir », a déclaré la biologiste de l’évolution Louise Moncla, de l’Université de Pennsylvanie, aux journalistes Emily Anthes et Apoorva Mandavilli du The New York Times.

« Nous devons désormais envisager la possibilité que les vaches soient plus largement sensibles à ces virus que nous le pensions au départ. »

Mutation repérée chez les bovins et investigations de l’USDA

Le virus détecté chez les bovins laitiers du Nevada apparaît étroitement apparenté à ceux présents chez les oiseaux migrateurs. Toutefois, il présente une mutation jugée déterminante, susceptible de faciliter sa réplication à l’intérieur de cellules de mammifères.

Cette adaptation n’a pas été retrouvée dans le génotype B3.13, mais elle a déjà été observée dans certains cas humains de grippe aviaire.

« Des investigations sont en cours afin de caractériser pleinement cet événement », indique la note de l’USDA.

L’agence précise également que le Département de l’Agriculture du Nevada a réagi rapidement : d’abord en s’inscrivant sans délai à la Stratégie nationale de dépistage du lait afin de lancer une surveillance active, puis en identifiant et en plaçant en quarantaine les élevages laitiers concernés avant que des déplacements de bovins ne puissent diffuser davantage le virus au-delà de la zone locale.

La Stratégie nationale de dépistage du lait a été instaurée par l’USDA en décembre 2024 via un décret fédéral. Son objectif est de suivre la propagation de la grippe aviaire chez les vaches laitières à l’échelle du pays et d’empêcher la circulation, d’un État à l’autre, de lait contaminé ou d’animaux infectés.

Dans le cas du Nevada, ces vaches ne semblent pourtant pas avoir été contaminées par un élevage voisin situé dans un autre État : la menace serait plutôt venue « d’en haut ».

Risque pour l’humain, suivi du H5N1 et communication des agences

Même si ces bovins peuvent infecter l’être humain - notamment via leur lait -, aucun élément ne montre à ce stade que le virus H5N1 puisse se transmettre d’une personne à l’autre. Pour l’instant, les responsables des Centres américains de contrôle et de prévention des maladies (CDC) estiment que le risque pour la plupart des personnes reste faible.

Néanmoins, certains scientifiques et responsables de santé publique, y compris à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), prennent au sérieux l’hypothèse d’une future pandémie humaine et surveillent de très près l’évolution des mutations du H5N1.

Récemment, plusieurs virologues ont avancé que le risque de pandémie humaine liée à la HPAI augmenterait à mesure que l’agent pathogène passe plus de temps dans des organismes de mammifères.

Il est vrai que le génotype D1.1 a été associé à des cas humains plus sévères que B3.13. Toutefois, la virologue spécialiste de la grippe Seema Lakdawala, de l’Université Emory, a expliqué à Max Kozlov dans Nature fin janvier que ces effectifs restent trop faibles pour en tirer des conclusions solides.

Depuis 2024, au moins 66 cas humains de grippe aviaire ont été recensés aux États-Unis, et l’on ne dispose toujours pas d’assez de données pour comprendre ce qui rend chaque variante virale plus ou moins dangereuse pour notre espèce dans son ensemble.

La dernière communication des CDC au sujet de l’épidémie de grippe aviaire a été publiée le 17 janvier 2025. Compte tenu du gel actuel des communications imposé par l’administration Trump à certaines agences fédérales de santé, on ignore si, et quand, les CDC aborderont ce nouvel événement de franchissement de barrière des espèces identifié au Nevada.

L’USDA indique qu’il continuera à partager ses données avec les CDC ainsi qu’avec le Centre national d’information sur les biotechnologies dans un délai de sept jours après analyse.