Au Pérou, quatre nouvelles variétés génétiques de cacao découvertes

Des cacaoyers cultivés dans des fermes indigènes à travers le Pérou appartiennent à quatre variétés génétiques que personne n’avait encore répertoriées, d’après une nouvelle étude.

En passant au crible l’ADN de près de 400 arbres, les chercheurs ont mis en évidence quatre lignées qui se situent en dehors des dix déjà cartographiées pour l’espèce à l’échelle mondiale.

Deux de ces quatre lignées présentent une ascendance associée à certains des chocolats les plus recherchés au monde - de quoi offrir au Pérou une nouvelle source de fèves haut de gamme, au goût remarquable.

Cette même enquête génétique a aussi permis de trancher une question qui durait depuis longtemps : la filiation du clone de cacao le plus planté sur la planète.

Le cacao péruvien passé sous le radar

Les arbres au cœur de l’étude ne proviennent pas de plantations sélectionnées pour leur uniformité. Il s’agit de cacaoyers sauvages ou semi-sauvages, dont beaucoup ont environ 50 ans.

Lambert A. Motilal, du Cocoa Research Centre de la University of the West Indies, a dirigé l’analyse avec des collègues au Pérou. Ensemble, ils ont prélevé des échantillons sur 390 arbres dans huit régions, depuis les plaines amazoniennes jusqu’aux contreforts des Andes.

Pour reconstituer les liens de parenté, l’équipe a lu l’ADN de chaque arbre à 192 marqueurs « à une lettre », des positions du code génétique où les plantes diffèrent souvent entre elles. Ces minuscules variations jouent le rôle d’une empreinte, assez précise pour distinguer même des parents proches.

Le Pérou est le huitième producteur mondial de cacao, et plus de 80 000 familles agricoles vivent de cette culture. Dans ces petites exploitations, les producteurs n’ont jamais cherché à améliorer les arbres par des programmes de sélection. Résultat : une réserve de diversité brute, restée sans documentation.

« Ces inestimables trésors génétiques n’étaient pas enfermés dans un laboratoire. Ils poussaient littéralement dans les arrière-cours des agriculteurs, en attendant d’être caractérisés et valorisés pour le marché premium », écrivent les auteurs.

La généalogie du cacao s’enrichit

Depuis des années, les scientifiques rangent l’immense arbre généalogique du cacao en dix groupes génétiques. Une étude de référence publiée en 2008 avait défini ces variétés après avoir analysé l’espèce à travers l’Amazonie.

On pensait alors que tous les cacaoyers cultivés dérivaient d’un mélange de ces dix groupes. Or, cette nouvelle analyse ajoute quatre variétés de cacao supplémentaires.

Environ 80 % des arbres échantillonnés se rattachent à ces nouvelles lignées, chacune baptisée en lien avec des lieux et des peuples auxquels elle est associée.

Deux portent le nom local Chuncho, utilisé pour le cacao autour de Cusco. Awajun constitue une troisième lignée, nommée d’après une communauté autochtone de l’Amazonie. Porcelana, la quatrième variété, reprend une appellation de longue date liée à des fèves prisées de Piura.

Des variétés de cacao propres à chaque région

Selon les régions, les arbres affichaient une signature génétique distincte. « Chaque région abrite une signature génétique unique et nous avons réussi à identifier quatre lignées de cacao entièrement nouvelles », écrivent les auteurs.

Ces découvertes ne surgissent pas de nulle part : d’autres groupes inédits ont déjà été repérés ailleurs dans le berceau amazonien du cacao, notamment en Bolivie, en Colombie et en Équateur.

Les travaux précédents de l’équipe, dans le nord du Pérou, avaient déjà repéré des ensembles qui ne rentraient pas dans le schéma standard. La présente étude donne des noms plus solides et des limites plus nettes à ces signaux observés auparavant.

Le goût inscrit dans les gènes

Du point de vue du commerce du chocolat, toutes les nouvelles lignées n’ont pas la même importance. Deux d’entre elles - Awajun et Porcelana - se situent près d’une lignée appelée Nacional. Ce sont ses fèves, florales et complexes, qui atteignent les prix les plus élevés.

Le Pérou bénéficie déjà de cette image, avec une offre de cacao « fine saveur » et une place parmi les principaux producteurs de fèves biologiques. L’apparition de ces quatre nouveaux groupes élargit l’éventail d’arbres dans lequel les sélectionneurs peuvent puiser pour viser ces caractéristiques.

Les chercheurs se gardent toutefois de promettre un chocolat automatiquement supérieur. Ils recommandent plutôt de tester, pour le goût et la qualité, les arbres qui appartiennent le plus clairement aux nouveaux groupes. Ceux-ci pourraient constituer une base susceptible de renforcer la position du Pérou sur le marché du cacao fin.

Sur la piste de l’héritage du cacao

Parmi les arbres étudiés, l’un était déjà bien connu : CCN 51, une variété sélectionnée pour ses rendements élevés et sa résistance aux maladies, fournit aujourd’hui plus de la moitié du cacao péruvien.

Les producteurs l’ont largement diffusée en Amérique latine et, selon une synthèse récente, ils l’apprécient surtout pour ses volumes plutôt que pour une saveur délicate.

Mais sa généalogie comportait une zone d’ombre. Deux de ses grands-parents étaient identifiés, tandis qu’un troisième ancêtre - un arbre équatorien consigné uniquement sous le nom « Canelo » - n’avait jamais été caractérisé génétiquement.

Les nouveaux groupes ont comblé ce manque. En comparant l’ADN de CCN 51 aux lignées tout juste décrites, les chercheurs ont constaté que l’ancêtre manquant appartenait presque entièrement au groupe Awajun.

Le clone présente ainsi une ascendance d’environ 45 % Awajun, complétée par des parts plus modestes d’autres lignées.

Protéger le cacao du Pérou

Cette découverte s’accompagne d’un avertissement pour l’interprétation de l’ADN du cacao. Si cet ancêtre est resté invisible si longtemps, c’est en partie parce que les lignées de référence nécessaires pour le détecter n’avaient pas encore été décrites.

Les auteurs qualifient ce point aveugle de phénomène jamais signalé auparavant chez le cacao. À leurs yeux, des estimations fiables d’ascendance reposent sur une connaissance préalable des groupes existants et sur un échantillonnage équilibré.

L’étude souligne que le Pérou dispose d’un stock de diversité cacaoyère à la fois singulier et largement non protégé.

La plupart des arbres analysés ne correspondaient à rien dans une base de données mondiale réunissant plus de 6 000 profils génétiques. Ces nouvelles variétés représentent donc des lignées qu’on ne retrouve nulle part ailleurs.

Une partie de cette richesse tient à un nombre très réduit de plants. À Cusco, un seul clone Chuncho, particulièrement apprécié, est apparu sous la forme de huit arbres identiques. Il est clair que certains génotypes recherchés ont été multipliés par bouturage - et qu’ils pourraient disparaître si ces rares sources venaient à échouer.

Ces quatre groupes offrent aux banques de gènes du Pérou de nouveaux arbres à préserver, et aux sélectionneurs de nouveaux matériaux à tester pour les saveurs premium que ses exploitations conservent discrètement depuis des décennies.